| Attributes | Values |
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| type
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| Thesis advisor
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| Author
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| alternative label
| - Analysis of microbiome and resistome using next generation sequencing in urine samples from patients with sepsis, severe sepsis or septic shock
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| dc:subject
| - Sepsis
- Thèses et écrits académiques
- Séquençage nucléotidique à haut débit -- Dissertation universitaire
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| preferred label
| - Analyse par séquençage haut débit du microbiome et du résistome dans des urines de patients en sepsis, sepsis sévère ou choc septique
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| Language
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| Subject
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| dc:title
| - Analyse par séquençage haut débit du microbiome et du résistome dans des urines de patients en sepsis, sepsis sévère ou choc septique
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| Degree granting institution
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| note
| - Objective: In severe septic patients, the choice of an early and appropriate antibiotic therapy is difficult as the incidence of multidrug-resistant bacteria (MRB), especially Gram-negative bacilli (GNB) continuously increases. Feasibility of next generation sequencing (NGS) has been scarcely assessed on biological samples from patients. This study aimed at evaluating the diagnostic capacity of NGS in patients with urosepsis using the detection of microbiome and resistome. Methodology: Urine samples were obtained from 40 patients. Conventional urine culture was either positive with a single isolated GNB (n=27) or two or more GNB (n=6), being MRB or not, positive with three or more bacteria (n=3), or negative (n=4). After total DNA extraction and depletion of human DNA, prokaryotic DNA were sequenced using IonProton™ technology. The bioinformatic analysis was conducted with the Geneious® software and the website of the Center for Genomic Epidemiology. Results: NGS showed a total concordance in samples with a single isolated bacteria (mainly Escherichia coli). It also enabled the identification of bacteria potentially responsible for urosepsis in 3 out of 4 urine samples with negative conventional culture. All genes explaining the acquired resistance phenotypes were detected, especially those giving MRB phenotype to bacteria. However, the study showed that a in-depth analysis was still required. Conclusion: NGS performed on urinary samples appears feasible and provides results that are concordant with those of conventional culture. Even if the technical requirements, duration of bioinformatic analysis and costs currently preclude its clinical implementation, NGS could soon provide accurate results faster than conventional culture to guide initial empirical antibiotic therapy in septic patients.
- Objectif : Dans les états septiques graves, le choix d’une antibiothérapie précoce et adaptée est compliqué par l’augmentation de l’incidence des bactéries multirésistantes (BMR), notamment pour les bacilles à Gram négatif (BGN). La faisabilité du séquençage haut débit (NGS) en clinique humaine a été peu évaluée. Cette étude a pour objectif d’évaluer l’apport du NGS chez des patients ayant un urosepsis, dans la détection du microbiome et du résistome. Méthodologie : Des urines ont été prélevées chez 40 patients. La culture conventionnelle était soit positive avec un (n=27) ou plusieurs BGN (n=6), BMR ou non, soit polybactérienne (n=3), soit négative (n=4). Après extraction de l’ADN total et déplétion de l’ADN humain, les ADN procaryotes ont été séquencés grâce à la technologie IonProton™. L’analyse bioinformatique a été menée à l’aide du logiciel Geneious® et du site internet Center for Genomic Epidemiology. Résultats : Le NGS a montré une concordance totale pour les prélèvements monobactériens (majoritairement Escherichia coli). Il a aussi permis d’identifier des bactéries responsables de l’urosepsis sur 3 des 4 échantillons à culture négative. Tous les gènes expliquant les phénotypes de résistance acquise ont pu être détectés, notamment ceux conférant un phénotype BMR. Une profondeur d’analyse suffisante était néanmoins requise. Conclusion : L’utilisation du NGS sur des urines est faisable et concordante avec la microbiologie conventionnelle. Les contraintes techniques, l’analyse bioinformatique et le coût restent des obstacles mais le NGS pourrait rapidement devenir une méthode plus rapide pour guider l’antibiothérapie probabiliste des patients septiques.
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