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| - Fungi are ubiquitous heterotrophs that play pivotal roles in numerous ecosystems (e.g. decomposers, symbionts) and form one of the major eukaryotic lineages. Among them the Chytridiomycota phylum constitutes the early diverging branches of the fungal kingdom which is a critical position for the understanding of the fungal evolutionary radiation. However, this group has been overlooked and so the roots of the fungal kingdom remain unresolved. Here, we focus on the fungal diversity with a special interest in Chytridiomycota, in deep-sea hydrothermal vents via an environmental genomic analyses. Hydrothermal ecosystems are hotspots of diversity harboring endemic organisms and a previous studies showed the existence of novel fungal lineages thriving there. As a first investigation of the roots of fungi in the environment. To process the data collected, we developed an online user-friendly database, called PHYMYCO-DB, on quality-checked molecular markers dedicated to fungal phylogenetic studies. The experimental tools designed allow the description of six phylotypes belonging to Chytridiomycota, four of them producing new branches. Also, unexpectedly, the diversity retrieved goes beyond the Opisthokonta clade boundaries as one phylotype of Apusozoa and two phylotypes of very diverging eukaryotes with undefined positions anterior to the know Unikonta, were obtained. These results offer perspectives for the description of new organisms via genome sequencing or imaging, but also they are promising for the resolution of the complex deep evolutionary relationships in Opisthokonta, Unikonta and Bikonta.
- Les champignons sont des hétérotrophes ubiquistes jouant des rôles pivots dans les écosystèmes (e.g. décomposeurs, symbiontes) et formant une des principales lignées eucaryotes. Parmi eux, les Chytridiomycota constituent les branches profondes du règne des champignons, une position critique pour la compréhension de la radiation évolutive fongique. Or, ce groupe a très peu été étudié laissant les racines du règne des champignons non résolues. Ici, nous nous intéressons à la diversité fongique, et particulièrement aux Chytridiomycota, en milieu hydrothermal profond via des analyses de génomique environnementale. Les sources hydrothermales sont des hotspots de diversité qui hébergent des organismes endémiques, y compris de nouvelles lignées fongiques. Cette étude est la première à cibler la diversité des racines des champignons. Pour traiter les données, une base de données mise en ligne (PHYMYCO-DB) a été créée sur des marqueurs moléculaires fiables dédiés à la phylogénie fongique. Les outils développés ont permis la description de six phylotypes Chytridiomycota dont quatre produisant des branches nouvelles. De plus, de manière inattendue, la diversité obtenue dépasse les frontières du clade des Opisthokonta, i.e. un phylotype Apusozoa et deux autres ayant une position indéfinie antérieure aux Unikonta connus. Ces résultats offrent des perspectives pour la description de nouveaux organismes via le séquençage de génomes ou l'imagerie, mais aussi ils sont prometteurs pour la résolution des relations évolutives profondes chez les Opisthokonta, Unikonta et Bikonta.
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