| Attributes | Values |
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| Thesis advisor
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| Author
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| alternative label
| - Searching for in vivo integron cassette rearrangements : a study in intubated mechanically-ventilated patients and in cyctic fibrosis patients
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| dc:subject
| - Pseudomonas aeruginosa
- Résistance aux antibiotiques
- Thèses et écrits académiques
- Intégrons -- Dissertation universitaire
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| preferred label
| - Recherche de mouvements de cassettes d'intégrons in vivo, étude chez le patient intubé ventilé et chez le patient atteint de mucoviscidose
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| Language
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| Subject
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| dc:title
| - Recherche de mouvements de cassettes d'intégrons in vivo, étude chez le patient intubé ventilé et chez le patient atteint de mucoviscidose
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| Degree granting institution
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| note
| - Introduction : Les intégrons de résistance sont des structures génétiques bactériennes capables d’acquérir et d’exprimer des gènes de résistance aux antibiotiques sous forme de cassettes ; portés par des plasmides ou des transposons, ils jouent un rôle majeur dans la dissémination de l’antibiorésistance, notamment en médecine hospitalière. L’objectif principal de cette étude était de mettre en évidence d’éventuels réarrangements de cassettes au sein de réseaux de cassettes d’intégrons chez un même patient au cours du temps. Les objectifs secondaires étaient la détermination des caractéristiques clonales des souches étudiées et l’analyse des gènes de résistance acquis hors réseaux de cassettes d’intégrons. Matériel et méthodes : Les génomes de 28 souches de Pseudomonas aeruginosa hébergeant un ou plusieurs intégron(s) de classe 1, provenant de 10 patients du CHU de Limoges (6 patients intubés sous ventilation mécanique, 4 patients atteints de mucoviscidose) ont été séquencés par séquençage haut débit (NGS). Les réseaux de cassettes ont été caractérisés par analyse bioinformatique. La détermination des caractéristiques clonales et la recherche de gènes de résistance hors réseaux de cassettes ont été effectuées via différentes plateformes en ligne. Résultats : Nous n’avons pas mis en évidence de mouvement de cassettes d’intégrons au sein des souches bactériennes provenant d’un même patient au cours du temps. Il n’a pas non plus été observé de modification au sein des gènes de résistance acquis hors réseaux de cassettes. Cependant, nous avons découvert quatre réseaux de cassettes jamais décrit auparavant dans des intégrons de classe 1. Conclusion : Notre étude n’a pas permis de démontrer l’existence de mouvements de cassettes au sein de réseaux de cassettes d’intégrons in vivo, même en situation de forte pression de sélection antibiotique. Néanmoins notre travail valide une méthodologie technique et bioinformatique intéressante et ouvre la voie à des études complémentaires dans le domaine de la génétique bactérienne et de l’hygiène hospitalière.
- Introduction : Resistance integrons are genetic bacterial structures able to acquire and express resistance genes embedded within cassettes ; carried by plasmids or transposons, they are key players of antibiotic resistance spreading, especially in hospital medicine. The main goal of this study was to show potential cassette rearrangements within integron cassette arrays from a single patient over time. The secondary objectives were to determine the clonal characteristics of the strains we studied, and to analyse acquired resistance genes apart from integron cassette arrays. Methods : Genomes from 28 Pseudomonas aeruginosa strains, harbouring one or several class 1 integron(s), isolated from 10 patients of the Limoges University Hospital Center (6 were intubated under mechanical ventilation, 4 were suffering from cystic fibrosis), were sequenced using high-throughput sequencing (NGS). The cassette arrays were characterised using a bioinformatics analysis. Determining the clonal characteristics and searching for resistance genes apart from cassette arrays was performed using several online platforms. Results : We did not show any change in integron cassette arrays within bacterial strains from a single patient over time. Neither did we observe any modification within resistance genes apart from cassette arrays. However, we discovered four new cassette arrays that have never been described in class 1 integrons before. Conclusion : Our study could not demonstrate any change within integron cassette arrays in vivo, even in situations of high antibiotic selection pressure. Though, our work validates an interesting technical and bioinformatics methodology and paves the way to complementary studies in the field of bacterial genetics and hospital hygiene.
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| http://iflastandar...bd/elements/P1001
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