| Attributes | Values |
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| type
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| Thesis advisor
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| Author
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| alternative label
| - Characterization of Pseudomonas sp. strain B4 and study of its introduction in soil microcosms, monitoring of the 4-chlorobiphenyl biodegradation efficiency by quantitative PCR, analytical and microbiological tools and ecotoxicological tests
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| dc:subject
| - PCR (génétique)
- Pseudomonas
- PCR quantitative
- Thèses et écrits académiques
- Écotoxicologie
- Sols -- Microbiologie
- Sols -- Décontamination
- Biodégradation
- Plasmides
- Biorestauration in situ
- Biphényles
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| preferred label
| - Étude de la souche Pseudomonas sp. B4 et de son utilisation dans un processus de biodégradation du 4-chlorobiphényle en microcosmes de sols, estimation de l'efficacité de la bioépuration par PCR quantitative, suivi microbiologique, dosages analytiques et tests écotoxicologiques
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| Language
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| Subject
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| dc:title
| - Étude de la souche Pseudomonas sp. B4 et de son utilisation dans un processus de biodégradation du 4-chlorobiphényle en microcosmes de sols, estimation de l'efficacité de la bioépuration par PCR quantitative, suivi microbiologique, dosages analytiques et tests écotoxicologiques
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| Degree granting institution
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| note
| - Les méthodes de décontamination biologique des sols présentent des avantages qui contribuent à leur développement. Elles sont en effet peu chères, ne destructurent pas le sol et semblent applicables même à de faibles concentrations de polluants. Bien souvent, le suivi d'un tel processus s'effectue par dosage analytique de la quantité de polluant restant dans le sol. Mais, la disparition du composé initial ne peut pas préjuger de l'innocuité du processus de bioepuration sur l'environnement. Dans ce contexte, la collaboration de techniques chimiques biologiques et ecotoxicologiques parait nécessaire afin d'obtenir une idée de l'efficacité de la décontamination du sol. Pour ce travail, un modèle de microcosmes contaminés par du 4-chlorobiphényle a été choisi. Deux souches bactériennes du genre Pseudomonas ont été utilisées, la souche B4 isolée de sédiments de Seine contamine par les PCB pour sa capacité à dégrader le biphényle, et CBS3, souche environnementale qui dégrade le 4-chlorobenzoate. Trois parties sont développées dans cette étude : la caractérisation de la souche B4 a permis de démontrer sa capacité à dégrader les monochlorobiphényles, les 2,2'- et 4,4'-dichlorobiphényles, les 2,4,4'- et 2,2'5-trichlorobiphényles et le 2,2',3,4,5-pentachlorobiphényle. La reconnaissance de ces molécules semble être codée par le cistron bphA1 dont la séquence est intermédiaire entre celle des souches de référence LB400 et KF707 qui dégradent des chlorobiphényles. Chez la souche B4, contrairement à d'autres souches connues, un plasmide pourrait être impliqué dans les voies de dégradation du biphényle. Dans un deuxième temps, des outils moléculaires ont été élaborés pour la détection et la quantification des souches Pseudomonas sp. B4 et CBS3 dans les sols par pcr compétitive. Deux compétiteurs ont été construits en insérant un fragment de 20 paires de bases soit dans le gène bphC de la souche b4 soit dans le gène codant pour la 4-chlorobenzoate déshalogénase de la souche CBS3. Enfin, des études de dégradation du 4-chlorobiphényle ont été menées en microcosmes. Le processus de biodégradation est suivi par PCR quantitative, par des dénombrements microbiologiques, par des dosages analytiques et grâce aux tests écotoxicologiques. Quand la souche B4 est introduite seule dans les microcosmes, malgré une disparition rapide du 4-chlorobiphényle, la toxicité du sol reste élevée vis-à-vis des vers de terre et de l'orge utilisés comme bio-indicateurs. Cette toxicité résiduelle est dûe à l'accumulation dans le microcosme de 4-chlorobenzoate, métabolite final de la voie de dégradation du 4-chlorobiphényle par la souche B4. Seule, l'introduction d'une bactérie, Pseudomonas sp. CBS3, capable de minéraliser le 4-chlorobenzoate, permet une détoxification du sol.
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