| note
| - Bacteria included in the genus Streptococcus are Gram-positive cocci, catalase negative. They are commensal or pathogenic bacteria in humans and animals. At the present time, 69 species and 12 subspecies have been described. Streptococci were first classified on the basis of haemolysis type. Presently, this criterion is only used to direct identification. Lancefield classification, still used in clinical, distinguishes 20 serological groups (designated by letters A to H and K to W) defined on antigenic properties of polysaccharide C present in the bacterial wall. Some species are devoid of this antigen and cannot be classified using this method. On the other hand, isolates belonging to different serogroups can be included in the same species and same serogroup can be found in different species. The classification has been completed through metabolic character study. But the commercialized systems do not always allow identification at the species level. This lack of discrimination is because the number of biochemical characters is considered limited, some isolates have characteristics different from the type strain and systems used sometimes lack reproducibility. More, many newly described species are not included in the database of the manufacturer or species profiles are identical to those of other species leading to a misidentification at the species level or unidentified isolate. Currently, two genetically different species (genomospecies) have DNA-DNA relationships that result in hybridization values < 70 % andm(e) value ≤ 5°C and/or homology percentage between 16S rRNA gene sequences < 97 %. But DNA-DNA relatedness is a labor intensive technique whose results are sometimes discordant between laboratories. This problem has given rise to controversial discussions on the definition of some streptococci, for example Streptococcus anginosus, Streptococcus intermedius, Streptococcus constellatus, streptococci included in the \"bovis\" or the \"mitis\" groups. Moreover, it was shown that the percentage of homology between the 16S rRNA gene sequences used to define bacterial species varied according to the considered genera and was often > 97 %. The bacterial identification based on 16S rRNA gene sequence comparison provides a good definition to the genus level but is often deficient at the species level because this gene is somewhat variable and so therefore not discriminator. Other more variable genes were therefore used to obtain a better identification of bacterial isolates and potentially a definition of the bacterial species. Regarding the streptococci, the genes most commonly used before we started our work were sodA (superoxyde dismutase encoding gene) and rpoB ( subunit RNA polymerase encoding gene). But the sequences were not available for all recognized species. Our first task was therefore to complement the existing databases. We also chose to sequence a fragment of gyrB (B subunit of DNA gyrase) and groEL (60 kDa heat shock protein) genes. We then studied the gene recN (recombination/repair protein encoding gene). We have to date 6 databases for identification and phylogenetic analysis of streptococci, the sequences of the genes groEL and recN being the most discriminatory. We applied these different approaches to 39 isolates of the \"anginosus group\" (S. anginosus, S. intermedius, S. constellatus) and we have shown that identification of isolates within this group was complex and wherever possible should be based on the sequencing of several genes. We also described a new species Streptococcus massiliensis isolated from a blood sample on the basis of phenotypic and genotypic criteria.
- Les bactéries appartenant au genre Streptococcus sont des cocci Gram-positif, catalase négative. Ce sont des commensales ou pathogènes chez l’homme et les animaux. Actuellement, 69 espèces et 12 sous-espèces ont été décrites. Les streptocoques ont été classifiés au départ sur le type d’hémolyse α, β ou non hémolytiques. Ce critère n’a plus aujourd’hui qu’une valeur d’orientation. La classification de Lancefield, encore utilisée en clinique, distingue 20 groupes sérologiques (désignés par des lettres de A à H et de K à W) définis sur les propriétés antigéniques d’un polysaccharide C présent dans la paroi des bactéries. Certaines espèces étant dépourvues de cet antigène et ne peuvent pas être classées par cette méthode. D’autre part, des isolats appartenant à des sérogroupes différents peuvent être inclus dans une même espèce et un même sérogroupe peut être retrouvé dans des espèces différentes. La classification a été complétée grâce à l’étude des caractères métaboliques. Mais les systèmes commercialisés ne permettent pas d’obtenir une identification au niveau de l’espèce dans tous les cas. Ce manque de discrimination est du au fait que le nombre de caractères biochimiques considérés est en nombre limité, que certains isolats présentent des caractères différents de la souche type et que les systèmes utilisés manquent parfois de reproductibilité. De plus, de nombreuses espèces nouvellement décrites ne sont pas incluses dans la banque de données du fabricant ou possèdent des profils identiques à ceux d’autres espèces ce qui entraîne une mauvaise identification au niveau de l’espèce ou une non identification de l’isolat. Actuellement, deux espèces génétiquement différentes (genomospecies) ont des relations ADN-ADN qui se traduisent à la fois par des valeurs d'hybridation inférieures à 70 % et par une valeur Tm(e) inférieure ou égale à 5 °C et/ou sur un pourcentage d’homologie entre les séquences du gène qui codent l’ARNr de 16S < 97%. Mais la technique d’hybridation ADN/ADN est une technique laborieuse dont les résultats sont parfois discordants entre laboratoires. Ce problème a donné lieu à des discussions controversées sur la définition de certains streptocoques, par exemple Streptococcus anginosus, Streptococcus intermedius, Streptococcus constellatus, les streptocoques appartenant au groupe bovis ou les streptocoques appartenant au groupe mitis. De plus il a été montré que le pourcentage d’homologie entre les séquences du gène codant l’ARNr de 16S permettant de définir une espèce bactérienne était variable en fonction des genres considérés et était souvent > 97%. L’identification bactérienne basée sur la comparaison des séquences du gène codant l’ARN de 16S permet d’obtenir une bonne définition jusqu’au niveau du genre mais est souvent déficiente au niveau de l’espèce car le gène considéré est peu variable et donc peu discriminante. D’autres gènes plus variables ont donc été utilisés pour obtenir une meilleure identification des isolats bactériens et potentiellement une définition de l’espèce bactérienne. En ce qui concerne les streptocoques, les gènes les plus utilisés avant que nous commencions notre travail étaient sodA (gène codant la superoxyde dismutase) et rpoB (gène codant la sous-unité de l’ARN polymérase). Mais les séquences n’étaient pas disponibles pour toutes les espèces reconnues. Notre premier travail a donc consisté à compléter les banques existantes. Nous avons également choisi de séquencer un fragment des gènes gyr B (codant la sous-unité B de l’ADN gyrase) et groEL (codant la protéine de stress de 60 kDa). Nous nous sommes ensuite intéressés au gène recN (codant une protéine de recombinaison/réparation). Nous disposons à ce jour de 6 bases de données pour l’identification et l’étude phylogénétique des streptocoques, les séquences des gènes groEL et recN étant les plus discriminantes. Nous avons appliqué ces différentes approches à 39 isolats du \"groupe anginosus\" (S. anginosus, S. intermedius, S. constellatus) et montré que l’identification des isolats au sein de ce groupe était complexe et dans la mesure du possible devait être basée sur le séquençage de plusieurs gènes. Nous avons également décrit une nouvelle espèce Streptococcus massiliensis isolée à partir d’une hémoculture sur la base de critères phénotypiques et génotypiques.
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