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Subject Item

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Study of the TnGBS family of integratives and conjugatives elements and their related transposable elements

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Translocation (génétique) Îlots génomiques Thèses et écrits académiques Éléments génétiques mobiles

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Etude des éléments intégratifs et conjugatifs de la famille TnGBS et des éléments transposables apparentés

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Etude des éléments intégratifs et conjugatifs de la famille TnGBS et des éléments transposables apparentés

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Les éléments génétiques mobiles (EGM) jouent un rôle fondamental dans l’évolution par la plasticité qu’ils confèrent aux génomes. Les TnGBS représentent une nouvelle famille d’éléments conjugatifs atypiques, qui exploitent des fonctions de transposition dérivées de séquences d’insertion (IS) et non d’une intégrase de phage pour se maintenir au sein des génomes. Ce travail montre que les TnGBS forment une vaste famille d’ICE, diverse mais restreinte au genre Streptococcus. La caractérisation des différentes fonctions conservées parmi les TnGBS a permis d’identifier des déterminants génétiques clefs impliqués dans leur processus de mobilité. En particulier, nous montrons qu’ils exploitent des fonctions de réplication de type thêta plasmidique pour promouvoir leur mobilité. L’étude de leur transposase a mené à l’identification de nouvelles familles d’EGM et a permis de proposer un domaine de la transposase comme responsable de leur spécificité d’insertion en amont des promoteurs. Les associations modulaires atypiques identifiées au cours de ce travail contribuent à abolir les frontières entre les différentes classes d’EGM Mobile Genetic Elements (MGEs) play a major role in bacterial evolution by conferring genome plasticity. TnGBS is a new family of atypical integrative and conjugative elements (ICE) that exploits an insertion sequence (IS) transposase instead of a phage integrase for their stabilization. This work shows that TnGBS represent a wide and diverse family of ICE, specific to the genus Streptococcus. The characterization of different conserved functions identifies key genetic determinants involved in their mobility. More specifically, we demonstrate that they take advantage of plasmidic theta replication to promote their mobility. The study of their transposase leads to the identification of new MGE families and permits to propose a transposase domain implicated in their insertion specificity upstream promoters. The different modular associations identified in this study contribute to blur the line between the different types of MGEs

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Text

n13:P1001

n14:T1009

rdaw:P10219

2013

rdau:P60049

n7:1020